Sebagai
taman nasional sekaligus taman laut, Karimunjawa merupakan rumah bagi
terumbu karang, hutan bakau, hutan pantai, dan hampir 400 spesies fauna
laut. Berbagai jenis terumbu karang yang dapat Anda jumpai di Taman
Nasional Karimunjawa antara lain terumbu karang pantai atau disebut juga
terumbu karang tepi (fringing reef), terumbu karang penghalang (barrier reef), dan beberapa taka (patch reef).
Kekayaan
biota laut di Kepulauan Karimunjawa yang beragam mencapai 51 genus,
dengan lebih dari 90 jenis karang keras dan 242 jenis ikan hias.
Beberapa biota yang dilindungi antara lain akar bahar atau karang hitam,
karang merah, kepala kambing, triton terompet, nautilus berongga, batu
laga, dan kima. Beberapa jenis algae juga kerap saya jumpai disini.
Namun, yang paling sering dilihat adalah algae hijau, algae cokelat,
dan algae merah.
Di
beberapa pulau Anda dapat menjumpai hutan pantai dan hutan mangrove
dengan ciri khas adanya tanaman ketapang, cemara laut, jati pasir,
setigi, waru laut, dan bakau hitam. Tanaman yang menjadi ciri khas di
hutan – hutan yang ada di Taman Nasional Karimunjawa adalah Dewadaru
atau ada juga yang menyebutnya dengan nama Nagasari. Oleh masyarakat
Jawa tanaman ini dianggap keramat, bahkan ada mitos yang menyebutkan
kalau tanaman Dewadaru tidak boleh di bawa keluar dari pulau ini.
Berbagai
satwa darat juga dapat Anda temui di Karimunjawa, seperti rusa, kera
ekor panjang, 40 jenis burung seperti pergam hijau, elang laut dada
putih, trocokan atau merbah cerukcuk, betet, serta penyu sisik dan penyu
hijau. Sebagai catatan, Taman Nasional Karimunjawa merupakan salah satu
dari sedikit tempat yang dapat Anda kunjungi untuk melihat elang laut
dada putih, penyu sisik, dan penyu hijau yang merupakan satwa langka
yang hampir punah.